涉密信息系统是指有关国家平安和利益的信息系统。其保密性至关重要。涉密信息系统的平安性不仅仅是手艺问题，更是一系列保密措施综合起来的结果。针对涉密信息系统的保密性措施主要包罗物理保密和手艺保密两方面。
物理保密包罗了所有由物理手段护卫系统所需要的措施，主要是为了确保系统不能被恶意入侵者所损坏、窃取或侵略。物理保密的方式涉及修建、硬件、职员及行政保密。手艺保密主要是接纳种种手艺手段抵御种种平安攻击，主要包罗系统平安性设计、密码学手段、随机性手段及协议保密。
除此之外，还可以思量在涉密信息系统中接纳多重身份验证、审计日志等方式，以提高系统平安性和保密性。